Das Zillo wurde im Sommer 1989 von Rainer „Easy“ Ettler († 1997) als Zillostrierte (nach 3 Ausgaben auf Zillo verkürzt) gegründet und erscheint seitdem monatlich. Der Name geht auf die gleichnamige Diskothek „Zillo“ zurück, die 1988 von Ettler in Lübeck eröffnet wurde und ihren Sitz zusammen mit der Redaktionsleitung der Zeitschrift bzw. dem Verlag Zillo e. V. An der Untertrave 63 hatte. Da Zillo ein eingetragener, gemeinnütziger Verein war, durfte er keine Gewinne erwirtschaften. Das Magazin erschien somit zum Selbstkostenpreis.

Die ersten drei Ausgaben der „Zillostrierten“ vom Mai, Juni/Juli und August 1989 erschienen im A5-Format, erst mit der August-Ausgabe wurde das Heft kostenpflichtig. Nach viermonatiger Pause kam im Januar 1990 die erste Zillo-Ausgabe im A4-Format und in einer Auflage von 50.000 Exemplaren auf den Markt. Trotz positiver Resonanz und dauerhaft steigender Leserzahlen war der Zillo-Verlag schon Mitte 1990 mit monatlich 10.000 DM Verlust an einem finanziellen Tiefpunkt angelangt, Ende 1990 stiegen die Schulden bis auf über 100.000 DM an. Um dem Bankrott zu entgehen, entschloss man sich, den Einzelverkaufspreis zu erhöhen. Gleichzeitig zog der Zillo e. V. in die Lübecker Sophienstraße 1 um.

In den Jahren 1991 und 1992 etablierte sich das Zillo-Musikmagazin mit einer Auflage von mittlerweile 70.000 Exemplaren allmählich und wurde insbesondere durch seinen Kleinanzeigenmarkt zum Sprachrohr der deutschen Wave- und Independent-Kultur.